ImageJ(TurboReg)をMatlabで操作

久々々の投稿。
ImageJのプラグインTurboReg(連続画像ブレ補正ソフト、何故かとてもよく動く)的なものを使う必要があって、何とかMatlabでできないかと(matlabのimage processing toolbox付属のは何故か上手く動かなかった)色々調べてたら便利なものが出てきて、かつインストールが面倒だったのでメモ。

見つけたのはこのサイト
で、必要なものが色々な場所にバラけていたので各個確保する必要がある。

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参照するのは下記の３つ。基本的にmファイルはmatlabのパスが通っている場所に、jarファイルはmatlab本体ディレクトリ下java/jar内に、classファイルはmatlab本体ディレクトリ下javaディレクトリに入れる。
ソース 1: mouse-electrophysiology-project(Google code) ソース 2: arterioj/ImageJ/plugins/TurboReg (GitHub) ソース 3: MIJ (Biomedical Imaging Group: Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, EPFL) matlab script: ソース 1: mouse-electrophysiology-projectから - array2ijStackAK.m - ij2arrayAK.m 少し場所が変わって - MotionCorrection_TurboReg.m jar file: ソース 3: MIJ　から - mij.jar - ij.jar class file: ソース 1: mouse-electrophysiology-projectから - IJAlin_AK.class - TurboReg_AK.class ソース 2: arterioj/ImageJ/plugins/TurboReg から - turboRegDialog.class - turboRegFinalAction.class - turboRegImage.class - tuboRegMask.class - turboRegPointHandler.class - turboRegProgressBar.class - turboRegTransform.class
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これでTurboReg on Matlabが完成。
すごく便利す。
使用用途に合わせてMotionCorrection_TurboReg.mをいじって使わせて頂いています。

少々間違えているかもですが、３つのサイトの中のどこかから辿れます。
便利なインストール用シェルスクリプトとかを書くつもりはありません。
悪しからず。

で、さらに便利そうなのはここでつかっているMIJというもの。どうやらTurboRegを作ったラボと同じラボでつくったMatlabとImageJのインターフェース。
これ自体はイントールは難しくない。Matlab本体のappのディレクトリ下のjava/jarフォルダ内にij.jarとmij.jarを入れるだけ。
使い方は大元サイトにあります。（これもあまり丁寧ではないけど）