脳部位座標計算Androidアプリ

超久々の更新。

（主にげっ歯類の）脳に何か刺したり注入したりするときに、アトラス上での座標の位置を、ステレオタキシック脳定位固定装置の座標に合わせるためのアプリ。
同業者向けです。

Brain Targeter

前のラボでは自動計算だったのだが、新しいところに移って手計算（面倒）になった＋ちょろっと探して見つからなかった + スマホアプリ作ってみたかったので。

Bregma, Lambdaの位置から脳のサイズと傾き（Medial-Lateral軸以外の二方向）に対して補正をかけるようにしました。
計算は自分で考えましたが何回か試してみて概ねOKだと思います（誰か3Dでの角度補正の正しい計算方法を教えてください）。

もしよかったらご利用ください。

ImageJ(TurboReg)をMatlabで操作

久々々の投稿。
ImageJのプラグインTurboReg(連続画像ブレ補正ソフト、何故かとてもよく動く)的なものを使う必要があって、何とかMatlabでできないかと(matlabのimage processing toolbox付属のは何故か上手く動かなかった)色々調べてたら便利なものが出てきて、かつインストールが面倒だったのでメモ。

見つけたのはこのサイト
で、必要なものが色々な場所にバラけていたので各個確保する必要がある。

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参照するのは下記の３つ。基本的にmファイルはmatlabのパスが通っている場所に、jarファイルはmatlab本体ディレクトリ下java/jar内に、classファイルはmatlab本体ディレクトリ下javaディレクトリに入れる。
ソース 1: mouse-electrophysiology-project(Google code) ソース 2: arterioj/ImageJ/plugins/TurboReg (GitHub) ソース 3: MIJ (Biomedical Imaging Group: Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, EPFL) matlab script: ソース 1: mouse-electrophysiology-projectから - array2ijStackAK.m - ij2arrayAK.m 少し場所が変わって - MotionCorrection_TurboReg.m jar file: ソース 3: MIJ　から - mij.jar - ij.jar class file: ソース 1: mouse-electrophysiology-projectから - IJAlin_AK.class - TurboReg_AK.class ソース 2: arterioj/ImageJ/plugins/TurboReg から - turboRegDialog.class - turboRegFinalAction.class - turboRegImage.class - tuboRegMask.class - turboRegPointHandler.class - turboRegProgressBar.class - turboRegTransform.class
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これでTurboReg on Matlabが完成。
すごく便利す。
使用用途に合わせてMotionCorrection_TurboReg.mをいじって使わせて頂いています。

少々間違えているかもですが、３つのサイトの中のどこかから辿れます。
便利なインストール用シェルスクリプトとかを書くつもりはありません。
悪しからず。

で、さらに便利そうなのはここでつかっているMIJというもの。どうやらTurboRegを作ったラボと同じラボでつくったMatlabとImageJのインターフェース。
これ自体はイントールは難しくない。Matlab本体のappのディレクトリ下のjava/jarフォルダ内にij.jarとmij.jarを入れるだけ。
使い方は大元サイトにあります。（これもあまり丁寧ではないけど）

顕微鏡用ImageJ

MBF_ImageJ
http://www.macbiophotonics.ca/imagej/

imageJはJavaベースの無料の画像解析ソフト（確かNIHが作った??）として有名だが、これはそれを顕微鏡写真解析用に特化させたやつ。


3D構築とか、FRETとか、Bleachingとか顕微鏡で観察するものの解析用に便利なプラグインがたくさん揃っている。
しかも、基本的な使い方は上記のサイトを見れば書いてある（英語）という親切極まりないこと。

それでも（imageJ自体に）使い慣れるのに四苦八苦したが、慣れてしまうと面白い。
マクロとかも簡単に組めるし。探せば色々できる。

2013年 10月 追記
検索しても引っかからなくなりました。プロジェクト終わったのか?!